De leerlijn van Healthy Heroes bestaat uit zes verschillende leerlijnen die in samenhang zorgen dat leerlingen gedurende hun schoolperiode kunnen groeien naar gezond gedrag. Deze leerlijnen zijn: Eten & Drinken, Kunst & Cultuur, Natuur & Techniek, Ontspanning & Relaties, Sport & Bewegen en Werk & Participatie. Met een breed scala aan activiteiten en mogelijkheden, sluit Healthy Heroes aan bij de diversiteit binnen het speciaal onderwijs, zowel qua niveau als belevingswereld.
Alle leerlijnen van Healthy Heroes volgen dezelfde methodiek van kennismaken (bewustwording) naar verdiepen (herhaling en uitdaging) en vervolgens naar continueren (volhouden).
Tijdens alle fases is er aandacht voor ouderparticipatie en betrokkenheid van lokale en landelijke samenwerkingspartners om blijvende impact op de doelgroep te realiseren.